興福寺は１６２０（元和６）年に渡来した真円が航海安全を祈願して、この地に媽祖を祀る小庵を結んだことに始まる黄檗宗の寺院。そのころの長崎は明の商人たちが渡来しはじめた時期で、船に祀られていた媽祖像の安置所が求められたのでしょう。
以降、２代住持となった黙子如定禅師は眼鏡橋を完成させ、３代住持の逸念禅師は近世漢画の祖として知られるなど、高僧が興福寺の住持に入っています。そして、逸念禅師の招聘に応じて１６５４（承応３）年に渡来し、興福寺に住持したのが日本において黄檗宗の祖となった隠元禅師でした。興福寺は隠元禅師初登の地でもあります。